PCR-i praimerite kvaliteedimudeli integreerimine Primer3-e disainimetoodikasse
Nimi
Maarja Lepamets
Kokkuvõte
Polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) edukas toimumine sõltub praimerite lähtejärjestusega seondumise stabiilsusest ja spetsiifilisusest. Praimeridisaini protsessis tuleb seega jälgida, et disainitaval praimeril ei oleks uuritavas genoomis palju mittespetsiifilisi seondumiskohti. Käesoleva töö raames koostati mudel, mis hindaks praimeri mittetöötamise tõenäosust, lähtudes selle potentsiaalsete seondumiskohtade arvust uuritavas genoomis. Seejärel implementeeriti maskeerimisalgoritm, mis kasutaks loodud mudelit lähtejärjestusest ebasobivate praimeri seondumiskohtade maskeerimiseks. Kirjeldatud algoritm integreeriti praimeridisaini programmi Primer3. Maskeerimisfunktsiooni kasutamine praimeridisaini kontekstis vähendas disainitavate praimerite keskmist mittetöötamise tõenäosust enam kui kaks korda.
Lõputöö keel
eesti
Lõputöö tüüp
Magister - Informaatika
Juhendaja(d)
Lauris Kaplinski
Kaitsmise aasta
2015