arvutiteaduse instituudi lõputööderegister


Motiivide leidmine lühikestest peptiididest
Nimi Mari-Liis Kruup
Kokkuvõte Käesoleva töö eesmärgiks on arendada töövoog, mis leiaks etteantud lühikestest peptiididest sarnaste peptiidide grupid ning esitaks need grupid motiividena. Sellist töövoogu oleks hiljem võimalik kasutada motiivide avastamiseks erinevate indiviidide peptiididest, et leida sarnasusi sama diagnoosiga haigete vahel. Peptiididest motiivide leidmise töövoo koostamiseks kombineeritakse erinevaid üldtuntud meetodeid, bioinformaatika tööriistu ning lisaskripte. Koostatud töövoog põhineb hierarhilisel klasterdamisel, mille abil jagatakse etteantud peptiidid sarnasuse alusel gruppidesse. Leitud gruppe modifitseeritakse, et koostada just sellised grupid, millest igaüks sisaldaks ühte unikaalset motiivi. Lõplikest gruppidest leitakse motiivid, mis visualiseeritakse logodena ning esitatakse ka regulaaravaldise kujul. Leitud motiividele lisatakse skoorid, mis annaksid infot selle kohta, kui hästi iga motiiv just oma peptiidigruppi kirjeldab. Valminud töövoog koostati ning rakendati ühe testindiviidi peal. Töövoo rakendamine oli edukas ning etteantud 277 166 peptiidist suudeti 71.19% jagada 46 motiivigruppi, millest 43 said ka väga head skoorid. Selle töövoo abil on võimalik edaspidi analüüsida erinevaid indiviide, et leida sama diagnoosiga haigetel ühiseid motiive.
Lõputöö keel inglise
Lõputöö tüüp Bakalaureus - Informaatika
Juhendaja(d) Meelis Kull, Balaji Rajashekar, Sven Laur
Kaitsmise aasta 2013
PDF