arvutiteaduse instituudi lõputööderegister


gPathways: bioloogiliste radade vaheliste ühenduste visualiseerimise ja identifitseerimise tööriist
Nimi Jordan Valdma
Kokkuvõte Molekulaarbiolooia katsed 'omics' vallas, sisaldavad alati katse seisukohast olulisi geenijärjendit. Neid geenijärjendeid uuritakse edasi ühe või mitme arvutusliku meetodiga, et saada lisa informatsiooni geenide kohta. Üks selliseid meetodeid on päringud bioloogiliste radade andmebaasis. Vastavates andmebaasides sisaldub oluline info proteiinide kohta, mis osalevad protsessis, kus toimub jada reaktsioone molekulide vahel, mis viivad produktini. Sellised reaktsioonid toimuvad igas rakus konstantselt. Hetke tööriistad, mis pärivad geenijärjendeid radade andmebaasist, näitavad tabeleid geenide seostest radadega. Tööriistad pakuvad ka võrgustiku visualiseerimist geenide baasil, radade analüüsist. Meie eesmärk oli arendada uudne interaktiivne veebirakendus radade omavaheliste ühenduste visualiseerimiseks ja bioloogiliste radade pärimiseks, globaalses kontekstis. Me summeerime kõik geenid rajas graafi punktina ja servad väljendavad radade vahelisi ühendusi. Rakendus näitab geeni päringute tulemusi ja annab selge ülevaate radade andmestikust, jättes võimaluse pärida ja vaadata detaile. Ülalmainitud graafiliselt rikkalik funktsionaalsus implementeeriti gPathways rakenduses, millele saab ligi lingilt http://biit.cs.ut.ee/gpathways/.
Lõputöö keel inglise
Lõputöö tüüp Magister - Informaatika
Juhendaja(d) Balaji Rajashekar
Kaitsmise aasta 2014
PDF