arvutiteaduse instituudi lõputööderegister


Rakkude arvukuse mudeldamine DNA metülatsiooni põhjal
Nimi Simo Pähk
Kokkuvõte DNA metülatsioon on geenide avaldumist mõjutav epigeneetiline mehhanism. Otsene seos geeniekspressiooni ja raku diferentseerumise vahel on aluseks metülatsioonipõhisele rakutüübi dekonvolutsioonile, mis on meetod rakutüüpide proportsioonide määramiseks bioloogilises proovis. Varasemad uurimused on seda meetodit edukalt rakendanud lümfotsüütide alamtüüpide arvuliseks hindamiseks vereproovis, kuid on suuresti kõrvale jätnud TEMRA, mis on eluea lõpufaasis olev lümfotsüüdi tüüp, mida seostatakse vananemise ja autoimmuunhaigustega. Käesoleva töö eesmärk on välja selgitatada, kas ja kui edukalt on võimalik sekveneeritud metülatsiooniandmeid kasutada T rakkude arvukuse hindamiseks nende erinevates elufaasides, sh TEMRA jaoks, kasutades masinõpet. Töö tulemusel selgub, et kuigi TEMRA alamtüüpide arvukuse hindamine ei ole nii täpne kui T rakkude üldiste alamtüüpide puhul, on töös käsitletud metoodika siiski tulemuslik, seda eriti, kuna DNA sekveneerimine on odavam ja skaleeruvam alternatiiv tavapärastele labororoorsetele meetoditele vereproovide analüüsimiseks.
Lõputöö keel inglise
Lõputöö tüüp Bakalaureus - Informaatika
Juhendaja(d) Ahto Salumets
Kaitsmise aasta 2022
PDF