Retseptori internalisatsioonianalüüs
Nimi
Taavi Tetlov
Kokkuvõte
Cellomics HCS platvorm on paindlik high-content screening lahendus, mis koos oma lisamoodulitega võimaldab uurida mitmesuguseid erinevaid bioanalüüse alates valkude translokatsioonist kuni rakutsüklite jälgimiseni elus rakkudes. HCS on tõestanud ennast kui tõhus ja paindlik analüüsiviis ning on kasvava tähtsusega nii akadeemilistes uurimustes kui ka farmaatsias ravimiarenduseks.
Cellomics Colocalization V3 pildianalüüsiprotkolli kasutades piltidelt võetud mõõdud kinnitavad, et Endoteliin A retseptorvalgu (ETAR) internalisatsiooni aktiivsus Icosageni poolt arendatavates rakkudes käitub reeglipäraselt temale lisatud peptiidi Endoteliin-1 (ET-1) suhtes. Matemaatiliselt on võimalik reeglipära kirjeldada neljaparameetrilise sigmoidse kurviga. Kuna uuritavate andmete jaotused polnud mitte ühegi uuritava parameetri puhul normaaljaotusega, siis määrati matemaatilised mudelid üle andmete mediaanväärtuste. Mudelid valideeriti võrreldes neid one-way ANOVA mudeliga, ning testide tulemusena võib väita, et määratud kurvid iseloomustavad mõõdetud andmeid hästi.
Bioloogiline hüpotees, et bioanalüüs töötab, on võimalik kinnitada retseptori ning tema internalisatsiooni sihtpunktiks olevate endosoomide kattuvuse alusel. Efektiivsed peptiidi kontsentratsioonid on internalisatsiooni tööle hakkamiseks 0.29nM, poole aktiivsuse saavutamiseks 1.6nM ning maksimaalse efektiivsuse saavutamiseks 10nM.
Lisaks tuvastati töö käigus, et internalisatsiooni on võimalik iseloomustada ka endosoomimärget kasutamata, uurides Kolmogorov-Smirnov kahe valimi testist (K-S test) väljundina saadavaid andmete jaotuvuste kaugusi üksteisest. K-S testi tulemused näitasid ka testi potentsiaali erinevate katsete normaliseerimiseks hilisema võrdluse huvides.
Lõputöö keel
eesti
Lõputöö tüüp
Bakalaureus - Infotehnoloogia
Juhendaja(d)
Raivo Kolde, Andres Tover ja Sven Laur
Kaitsmise aasta
2012