arvutiteaduse instituudi lõputööderegister


Geeniregulatsiooni signaali vahendavate geenide automaatne leidmine suuremahulistest eksperimentaalsetest andmetest
Nimi Andreas Ellervee
Kokkuvõte Käesoleva bakalaureusetöö eesmärgiks on automaatselt leida geenidevahelisi seoseid suuremahulistest eksperimentaalsetest andmetest. Olenevalt eksperimendi tüübist saame me tihtipeale teada vaid osa tegelikest regulatoorsetest seostest geenide vahel. Kombineerides erinevaid eksperimente saame aga täpsemini määratleda otseseid ja kaudseid seoseid, mis määravad ära rakkude seisundi mingil kindlal tingimusel. Geenide häirituse (ingl k. perturbation) eksperimendiga on võimalik leida need geenid, mida häiritud geen mõjutab, kas siis otseselt või kaudselt. Kui neid andmeid kombineerida kromatiinisadestamise andmetega, siis saame eraldada otseselt mõjutatud geenid kaudselt mõjutatutest. Käesoleva töö eesmärk ongi leida kaudselt mõjutatud geenidele võimalikke regulaatoreid, mis vahendaksid signaali häiritud geenilt. Signaalivahendajate leidmiseks kombineerime ENCODE andmestikus olevaid andmeid geenide võimalike regulaatorite ja aktiivsete promootorite kohta. Juhul kui geeni regulatoorses alas on näidatud transkriptsioonifaktori seondumist, siis peame seda võimalikuks signaalivahendajaks peamiselt regulaatorilt. Edasi tuleb leida need potentsiaalsed signaalivahendajad, mis on ise peamise regulaatori poolt otseselt mõjutatud. Töö tulemusena tekivad kolmikud geenidest, kus peamine regulaator reguleerib otseselt signaalivahendajat. See omakorda reguleerib peamise regulaatori sihtmärkgeene teatud bioloogilistel tingimustel. Töö lõppeesmärgiks on kasutatav tööriist, mis võimaldab sobivate sisendandmete ja bioloogiliste tingimuste määramisel automaatselt sellised regulatoorseid kolmikuid leida.
Lõputöö keel eesti
Lõputöö tüüp Bakalaureus - Informaatika
Juhendaja(d) Hedi Peterson, Elena Sügis
Kaitsmise aasta 2015
PDF lisad