Geeniekspressiooni andmete analüüsi meetodi Barcode kirjeldus ja rakendamine
Nimi
Sander Tars
Kokkuvõte
Käesoleva bakalaureusetöö peamised eesmärgid on üle kontrollida, kas
geeniekspressiooni andmete analüüsi meetod Barcode täiustab meetodit fRMA ja tuua
erinevused visuaalselt välja.
Esimene, kirjeldav osa keskendub geeniekspressiooni andmete analüüsi meetodil Barcode.
Barcode'i kirjelduse käigus antakse ülevaade erinevatest Barcode'i versioonidest. Iga
versiooni juures on kirjeldatud funktsionaalsused ja nende kasutamine. Põhirõhk on seejuures
pandud uutele funktsionaalsustele võrreldes varasemate versioonidega.
Teises, praktilises osas võrreldakse meetodeid Barcode ja fRMA (fRMA meetodi väljund
on Barcode analüüsi alguspunkt). Nende kahe meetodi võrdlemiseks kasutatakse
inimese geeniekspressiooni andmehulka DNA kiibi eksperimentidest. Andmehulk tähisega
E-TABM-145 sisaldab 158 inimese koenäidise ekspressiooniandmeid. Kõigepealt jaotatakse
need koenäidised manuaalselt gruppidesse. Need manuaalselt loodud grupid on
aluseks mõlema meetodi töö hindamisele. Seejärel töödeldakse algseid andmeid nii meetodiga
Barcode kui ka meetodiga fRMA. Mõlema meetodi tulemuste visualiseerimiseks
ja võrdlemiseks kasutatakse eraldi kahte statistilist meetodit: peakomponentanalüüs (principal
component analysis) ja hierarhiline klasterdamine. Mõlema statistilise meetodi
väljunditele on tehtud analüüs ja võrdlus Barcode'i ja fRMA vahel. Vastavate statistiliste
meetodite väljundite võrdlusest saab järeldada, et Barcode on tõepoolest täiendab
fRMA-d. Barcode võimaldab koenäidiseid apremini õigetesse klastritesse klassi tseerida -
näidised, mis tulevad samast koest on kasutades Barcode'i paremini ülejnäänud näidistest
eraldatud kui fRMA puhul.
geeniekspressiooni andmete analüüsi meetod Barcode täiustab meetodit fRMA ja tuua
erinevused visuaalselt välja.
Esimene, kirjeldav osa keskendub geeniekspressiooni andmete analüüsi meetodil Barcode.
Barcode'i kirjelduse käigus antakse ülevaade erinevatest Barcode'i versioonidest. Iga
versiooni juures on kirjeldatud funktsionaalsused ja nende kasutamine. Põhirõhk on seejuures
pandud uutele funktsionaalsustele võrreldes varasemate versioonidega.
Teises, praktilises osas võrreldakse meetodeid Barcode ja fRMA (fRMA meetodi väljund
on Barcode analüüsi alguspunkt). Nende kahe meetodi võrdlemiseks kasutatakse
inimese geeniekspressiooni andmehulka DNA kiibi eksperimentidest. Andmehulk tähisega
E-TABM-145 sisaldab 158 inimese koenäidise ekspressiooniandmeid. Kõigepealt jaotatakse
need koenäidised manuaalselt gruppidesse. Need manuaalselt loodud grupid on
aluseks mõlema meetodi töö hindamisele. Seejärel töödeldakse algseid andmeid nii meetodiga
Barcode kui ka meetodiga fRMA. Mõlema meetodi tulemuste visualiseerimiseks
ja võrdlemiseks kasutatakse eraldi kahte statistilist meetodit: peakomponentanalüüs (principal
component analysis) ja hierarhiline klasterdamine. Mõlema statistilise meetodi
väljunditele on tehtud analüüs ja võrdlus Barcode'i ja fRMA vahel. Vastavate statistiliste
meetodite väljundite võrdlusest saab järeldada, et Barcode on tõepoolest täiendab
fRMA-d. Barcode võimaldab koenäidiseid apremini õigetesse klastritesse klassi tseerida -
näidised, mis tulevad samast koest on kasutades Barcode'i paremini ülejnäänud näidistest
eraldatud kui fRMA puhul.
Lõputöö keel
inglise
Lõputöö tüüp
Bakalaureus - Informaatika
Juhendaja(d)
Anna Ufliand, Priit Adler
Kaitsmise aasta
2016