Geneetiliste variantide mõju geeniekspressioonile erinevates rakutüüpides, kudedes ja bioloogilistes tingimustes
Nimi
Kateryna Peikova
Kokkuvõte
Inimese keha koosneb mitmetest kudedest (näiteks aju, veri, nahk või rasvkude) ning koed omakorda koosnevad paljudest erinevatest rakutüüpidest (näiteks neuronid, monotsüüdid, fibroblastid või rasvarakud). Iga rakutüübi unikaalse olemuse ja funktsiooni määrab ära nende geenide hulk, mis on just selles rakutüübis ekspresseeritud. Samuti mõjutavad geenide ekspressiooni indiviidide vahelised geneetilised erinevused mis võivad omakorda suurendada mõne komplekshaiguse tekkeriski. Geeniekpsressiooniga seotud geneetilisi variante kutsutakse geenekspressiooni kvantitatiivse tunnuse lookusteks (ingl k expression quantitative trait locus - eQTL). Mitmed uuringud on küll näidanud, et eQTLide efektisuurused on erinevates rakutüüpides ja kudedes erinevad, aga sellise variatsiooni suurus ja olulisus on veel ebaselge. Kuigi eraldatud rakutüüpe vaadelnud väiksed uuringud on tuvastanud eQTLide efektisuuruste vahel suuri erinevusi, siis suurim 49 erinevat kude hõlmanud GTEx uuring leidis, et eQTLide efektisuurused on paljudes kudedes väga sarnased. Lisaks teeb erinevate uuringute tulemuste võrdlemise keeruliseks erinevused kasutatud metodoloogias. Õnneks on eQTL Catalogue projekt
teinud hiljuti vabalt kättesaadavaks ühiselt analüüsitud kokkuvõttestatistikud 19 erinevast uuringust. Käesolevas töös kasutasime me eQTL Catalogue kokkuvõttestatistikuid, et hinnata, mil määral varieeruvad eQTLide efektisuurused kuni 46 erineva koe ja rakutüübi vahel. Kooskõlas varasema GTEx uuringiga tuvastasime me, et eQTLide efektisuurused erievates kudedes on üsna sarnased. Samas aga olid erinevused eraldatud rakutüüpide vahel palju suuremad. Need tulemused viitavad, et suurt rakutüüpide vahelist sarnasust
põhjustavad jagatud rakutüübid, mis on olemas mitmes erinevas koes, ning efektisuuruste keskmistamine üle paljude koe koosseisus olevate rakutüüpide. Seda järeldust toetab ka faktoranalüüs, mis tuvastas, et eQTLide efektisuurused kudedes koosnevad mitmest rakutüübispetsiifilisest ja jagatud komponendist. Meie tulemused näitavad, et keerukates kudedes leiduvate seoste tõlgendamiseks on vaja palju suuremaid rakutüübispetsiifilisi andmestikke.
teinud hiljuti vabalt kättesaadavaks ühiselt analüüsitud kokkuvõttestatistikud 19 erinevast uuringust. Käesolevas töös kasutasime me eQTL Catalogue kokkuvõttestatistikuid, et hinnata, mil määral varieeruvad eQTLide efektisuurused kuni 46 erineva koe ja rakutüübi vahel. Kooskõlas varasema GTEx uuringiga tuvastasime me, et eQTLide efektisuurused erievates kudedes on üsna sarnased. Samas aga olid erinevused eraldatud rakutüüpide vahel palju suuremad. Need tulemused viitavad, et suurt rakutüüpide vahelist sarnasust
põhjustavad jagatud rakutüübid, mis on olemas mitmes erinevas koes, ning efektisuuruste keskmistamine üle paljude koe koosseisus olevate rakutüüpide. Seda järeldust toetab ka faktoranalüüs, mis tuvastas, et eQTLide efektisuurused kudedes koosnevad mitmest rakutüübispetsiifilisest ja jagatud komponendist. Meie tulemused näitavad, et keerukates kudedes leiduvate seoste tõlgendamiseks on vaja palju suuremaid rakutüübispetsiifilisi andmestikke.
Lõputöö keel
inglise
Lõputöö tüüp
Magister - Informaatika
Juhendaja(d)
Kaur Alasoo
Kaitsmise aasta
2020