Endomeetriumi retseptiivsuse hindamine suunatud sekveneerimese meetodiga
Nimi
Alvin Meltsov
Kokkuvõte
Viljatusravis on esmatähtis hinnata optimaalset embrüo siirdamise ajastust, et suurendada rasestumise tõenäosust. Rasestumiseks sobiva ajastuse hinnang põhineb endomeetriumi kui emaka limaskesta küpsemise füsioloogial. Endomeetrium on embrüo pesastumiseks valmis tavaliselt 19.-21. menstruaaltsükli päeval. Sellel ajal peetakse endomeetriumi “retseptiivseks”. Igal kolmandal naisel on endomeetriumi küpsemise aeg keskmisega võrreldes erinev. Personaalmeditsiini lähenemine optimaalse embrüo pesastumise aja hindamiseks on osutunud tõhusaks lahenduseks viljatusravis, et aidata patsiente, kellel on varasemalt olnud korduvad ebaõnnestunud embrüo siirdamised. Kuigi endomeetriumi retseptiivsuse hindamiseks läbi transkriptoomi uuringu on varasemalt välja töötatud genoomseid diagnostilisi vahendeid, ei põhine ükski neist täpsel ja suunatud teise põlvkonna sekveneerimise tehnoloogial.
Selles uuringus töötati välja pooljuhendatud, erinditundlik, mitte-iteratiivne lahendus endomeetriumi retseptiivsuse hindamiseks. Endomeetriumi retseptiivsuse 68 biomarker geeni avaldumise muster tuvastati suunatud teise põlvkonna sekveneerimise tehnoloogiaga, TAC-seq meetodiga. Mudeli väljatöötamiseks kasutati 68 varasemalt analüüsitud endomeetriumi koeproovi, mis kuulusid eelretseptiivsesse, retseptiivsesse ja post-retseptiivsesse gruppi vastavalt varasemale kliinilisele dateerimisel. Nende proovide põhjal modelleeriti endomeetriumi transkriptoomiline ajaskaala. Samuti arendati selles uuringus välja veebirakendus väljatöötatud arvutusliku mudeliga töötamiseks. Viimane on kasutuses kliinilises endomeetriumi retseptiivsuse testimises.
Selles uuringus töötati välja pooljuhendatud, erinditundlik, mitte-iteratiivne lahendus endomeetriumi retseptiivsuse hindamiseks. Endomeetriumi retseptiivsuse 68 biomarker geeni avaldumise muster tuvastati suunatud teise põlvkonna sekveneerimise tehnoloogiaga, TAC-seq meetodiga. Mudeli väljatöötamiseks kasutati 68 varasemalt analüüsitud endomeetriumi koeproovi, mis kuulusid eelretseptiivsesse, retseptiivsesse ja post-retseptiivsesse gruppi vastavalt varasemale kliinilisele dateerimisel. Nende proovide põhjal modelleeriti endomeetriumi transkriptoomiline ajaskaala. Samuti arendati selles uuringus välja veebirakendus väljatöötatud arvutusliku mudeliga töötamiseks. Viimane on kasutuses kliinilises endomeetriumi retseptiivsuse testimises.
Lõputöö keel
inglise
Lõputöö tüüp
Magister - Informaatika
Juhendaja(d)
Priit Palta, Kaarel Krjutškov
Kaitsmise aasta
2021